「1.0000000000e+00」などになる場合、ちょっと見にくいです。
「e+00」とは、「*10^0」という意味で、単に「1」と言っているだけです。
この値が保存され、醜いと思う場合は、以下のように対応してください。

import bumpy as np
np.savetxt("a.csv", a, fmt="%.0f",delimiter=",")

fmt=”%.0f”の0の部分で、小数点以下の桁数を指定します。